Der Mehrkampf Fanklub Schweiz ist zweistufig organisiert. Auf der ersten Ebene ist der Verein ganz traditionell nach Präsident, Sekretär und Kassier gegliedert. Das oberste Organ ist die Mitgliederversammlung bestehend aus den Aktivmitgliedern. Aktive Mitglieder sind alle Athleten und Athletinnen der National-/Disziplinenkader Mehrkampf von Swiss Athletics.

Da die Koordination der Fanklub Aktivitäten durch die geographische Streuung der aktiven Mitglieder auf traditionelle Art schwierig ist, wurde auf zweiter Ebene ein Kernteam gebildet. Dieses lenkt die alltäglichen Aufgaben im Sinne des ganzen Vereins autonom. Wichtige Entscheidungen müssen der Mitgliederversammlung zur Genehmigung vorgelegt werden.

Die Gönner der Kategorien GOLD, SILBER und BRONZE erhalten Einblick in die Geschäfte des Fanklubs. Dies geschieht jeweils über den Jahresbericht des Kernteams im ersten Punktesammler des Jahres. Ankündigungen und wichtige Neuigkeiten, welche für die Gönner von Interesse sind, werden über den Punktesammler und/oder per Post kommuniziert.